Inspektorat Jenderal Pengendali Internal berfungsi mengoordinasikan pelaksanaan pengendalian internal melalui harmonisasi organisasi, penjaminan mutu, serta pengawasan dan evaluasi yang terintegrasi, memastikan seluruh mekanisme organisasi berjalan secara efektif, profesional, dan berkesinambungan sehingga tercipta tata kelola Kabinet BEM UNS yang adaptif, akuntabel, dan berorientasi pada peningkatan kualitas organisasi.